Juristisch wird der Gletschergarten von der Stiftung Gletschergarten Luzern getragen. Das Stiftungsvermögen besteht aus dem Grundstück mit dem Naturdenkmal und dem historischen Museumsgebäude. Zweck der gemeinnützigen Stiftung ist es, den Gletschergarten mit dem Naturdenkmal und dem Museumsgebäude zu erhalten und zu betreiben. Der Gletschergarten finanziert seinen Betrieb hauptsächlich durch Eintritte und Führungen. 

Eine zweite Trägerschaft besteht durch das 2007 gegründete Forum Gletschergarten Luzern. Der Verein unterstützt Projekte und Anliegen des Gletschergartens.